Über Synaptic kann man sich die alten Kernel raussuchen und sie dann deinstallieren. Mit ein bisschen Shell-Magie deinstalliert man jedoch mit nur einem Kommando alle alten Kernel inklusive ihren Headern. Via...

dpkg -l 'linux-[ihs]*' | sed '/^ii/!d;/'"$(uname -r | sed "s/\(.*\)-\([^0-9]\+\)/\1/")"'/d;s/^[^ ]* [^ ]* \([^ ]*\).*/\1/;/[0-9]/!d' | xargs sudo apt-get -y purge

... löscht ihr alle alten Kernel inkl. den passenden Kernel-Headern.